Организация была создана в мае 2012 года, и ее президентом единогласно избрали знаменитого бойца, многократного чемпиона мира по боевому самбо и легенду смешанных единоборств Фёдора Емельяненко. В декабре 2016-м он был переизбран на новый четырехлетний срок, но спустя два года добровольно покинул этот пост. Вместо него также единогласно был выбран бывший вице-президент организации, соратник и бывший спарринг-партнер Емельяненко Радмир Габдуллин.
Весной 2022 года Федор Емельяненко раскритиковал работу Габдуллина и покинул должности почетного президента и председателя наблюдательного совета Союза ММА России. А летом выиграл досрочные выборы, не баллотируясь на них. Другой кандидат, Андрей Терентьев уже во время конференции снял свою кандидатуру в пользу Емельяненко, за которого и проголосовали все 89 делегатов. Единственным оппонентом был все тот же Габдуллин.
В сентябре 2023-го Емельяненко вновь добровольно сложил с себя полномочия президента Союза ММА России. В этот раз он порекомендовал на свое место главу Федерации ММА Калужской области Виктора Дроздова, и в декабре 2023 года тот был избран 84 голосами против 1. Однако и Дроздов не отработал свой срок полностью. В последний день 2025-го он объявил, что покидает организацию. Новые выборы состоялись 28 февраля 2026-го.
В этот раз на пост президента Союза ММА России два кандидата, каждого их которых поддерживали тяжеловесы российского спорта.

Предприниматель, генеральный директор CLT Development (входил в АФК «Система»), президент Федерации ММА Московской области Павел Карнаух представил программу, в которой обещал поднять бюджет союза до ₽450 млн. По оценке журналиста Александра Лютикова нынешний бюджет организации – ₽72 млн. Кроме того, в случае избрания Карнауза Союз был бы переименован в федерацию, а ее высший наблюдательный совет возглавит Умар Кремлёв, президент Международной ассоциации бокса (IBA), президент Международной федерации нард, председатель попечительского совета Федерации спортивной борьбы России, владельцем автодилера «Рольф».
«Это мастер своего дела, не офисный чиновник, а настоящий полевой трудяга. С его приходом на должность руководителя у Союза ММА России гарантированно появятся крупные спонсоры, спортсмены начнут получать инвентарь, на каждом чемпионате будут призовые, ремонт и реконструкции уже имеющихся в регионах залов, откроют новые залы, а также окажут поддержку тренерам и спортсменам. А сама дисциплина смешанных единоборств начнет набирать обороты на международной арене, где спортсмены будут выступать с флагом и гимном России», – утверждал Кремлёв в комментарии для «Матч ТВ».

Бывший совладелец сети гипермаркетов «Оптоклуб ряды», ритейлера электроники «Юлмарт» и девелопера МИЦ Сергей Фатеев публично свою программу не представлял. Но он получил поддержку Фёдора Емельяненко, а также незадолго до выборов встретился с министром спорта России Михаилом Дегтярёвым, который представил Фатеева как председателя совета директоров АО «РСТ».
В итоге получились самые интригующие выборы в истории организации. Журналист Александр Лютиков обратил внимание, что в этот раз победителя определяли не 80-90 голосов, как обычно, а более 180. Это особенно важно, с учетом того, что, по уставу Союза ММА, для избрания президента требуется не простое большинство, а минимум 2/3 голосов. Победу со счетом 136:40 (при 8 воздержавшихся) одержал Сергей Фатеев. Фёдор Емельяненко стал почетным вице-президентом Союза ММА России.
Никаких официальных заявлений после своего избрания Фатеев не сделал. Ушедший в отставку Дроздов заявил, что союзу необходимо решить глубинные проблемы офисного управления и финансирования, иначе он не сможет развиваться. А сам он отказался от должности, потому что устал от этой ситуации. Подвел же итоги выборов Емельяненко, отметивший, что Союз ММА «сохранил автономность».